Mae Ynys Môn yn gyfoethog mewn olion cynhanesyddol. Daw’r dystiolaeth gyntaf o fodau dynol ar yr ynys o’r cyfnod Mesolithig, tua 7000 CC. Drwy gydol y milenia nesaf, cododd y llwythau amrywiol a feddiannodd Ynys Môn nifer o siambrau claddu cerrig, meini hirion, a bryngaerau, llawer ohonynt wedi goroesi’r oesoedd mewn cyflwr da a gellir ymweld â hwy heddiw.

Mae archeolegwyr wedi darganfod llawer o safleoedd ar yr ynys sy’n gyfoethog ag arteffactau cynhanesyddol fel crochenwaith ac offer carreg. Un o’r darganfyddiadau mwyaf trawiadol oedd hwnnw yn Llyn Cerrig Bach. Ym 1943, roedd tir yn cael ei glirio ger y llyn hwn ar gyfer adeiladu rhedfa ar gyfer canolfan yr Awyrlu Brenhinol gerllaw. Roedd mawn yn cael ei gloddio o’r gors ger y llyn a daethpwyd o hyd i gadwyn haearn. Defnyddiwyd y gadwyn hon am gyfnod ar gyfer tynnu cerbydau a oedd yn sownd yn y mwd. Darganfuwyd yn fuan, fodd bynnag, bod y gadwyn mewn gwirionedd yn un hynafol a ddefnyddiwyd yn wreiddiol i gadwyno caethweision gyda’i gilydd. Datgelodd ymchwiliad pellach gasgliad o ugeiniau o eitemau yn amrywio o bennau gwaywffon haearn a rhannau o gerbydau rhyfel i drwmped efydd.

Mae’r eitemau hyn yn dyddio o anterth y cyfnod Celtaidd (yr ail ganrif CC i’r ganrif gyntaf OC), ychydig cyn yr amser pan feddiannodd y Rhufeiniaid Gymru. Roedd y man lle darganfuwyd yr eitemau ar waelod clogwyn bychan yn edrych dros yr hyn sydd bellach yn gors ond a fyddai bryd hynny wedi bod yn ddŵr agored o’r llyn. Mae’n debyg bod gan y Celtiaid draddodiad o aberthu pethau gwerthfawr trwy eu taflu’n ddefodol i lyn; byddent yn gwneud hyn yn arbennig ar ôl brwydr fuddugol. Mae hyn yn egluro amlygrwydd offer milwrol yng nghelc Llyn Cerrig Bach.

Darganfyddiad Celtaidd diddorol arall yw’r Pen Hendy, a ddarganfuwyd ar Fferm Hendy ger Llanfairpwll. Mae’n debyg bod pennau fel y rhain, a ddarganfuwyd ledled y byd Celtaidd, yn cynrychioli duwiau ac efallai eu bod wedi’u defnyddio at ddibenion seremonïol. Roedd topiau’r pennau’n aml yn wastad, efallai ar gyfer gosod offrymau. Roedd gan lawer o bennau cerrig hefyd dyllau bach wedi’u drilio yn un ochr i’r geg (a welir yn amlwg yn y llun uchod). Efallai bod hwn wedi’i ddefnyddio ar gyfer rhoi diodydd i’r duw yn ystod seremonïau, neu efallai ar gyfer dal pibell neu gangen.

Ar adeg goresgyniad y Rhufeiniaid yng Nghymru (y ganrif gyntaf OC), roedd Ynys Môn yn un o gadarnleoedd olaf y Celtiaid a’u hoffeiriaid derwyddol. Penderfynodd y Rhufeiniaid ei bod yn hollbwysig goresgyn Ynys Môn a dinistrio’r Derwyddon, a oedd yn cynnal gwrthwynebiad brodorol yn erbyn y Rhufeiniaid. Mae’r hanesydd Rhufeinig Tacitus yn adrodd hanes y frwydr ddilynol ar lannau’r Fenai:

Ar y lan safai llinell frwydr gwrthwynebol, yn drwch o ddynion ac arfau, merched yn rhedeg yn eu plith, fel y Deraron yn eu dillad angladdol, eu gwallt yn hirllaes, yn cario torchau; a Derwyddon yn eu plith, yn tywallt melltithion erchyll gyda’u dwylo wedi eu codi yn uchel i’r nefoedd, a’n milwyr wedi dychryn gymaint gan yr olygfa anghyfarwydd nes bod eu haelodau wedi eu parlysu, ac fe safont yn ddisymud ac yn agored i gael eu clwyfo.

Yn y diwedd enillodd y Rhufeiniaid y frwydr, darostwng y Derwyddon, a thorri i lawr eu llwyni o dderw cysegredig.

Wedi i’r Rhufeiniaid dynnu’n ôl yn y 4edd ganrif daeth Ynys Môn o dan ddylanwad Brenhinoedd Dulyn . Digwyddodd nifer o gyrchoedd ac mae’n debygol i Wyddelod ymsefydlu mewn rhannau o’r ynys. Mae gan yr ynys olion carreg niferus o sylfeini tai crwn sy’n dyddio o’r cyfnod hwn. Fe’u gelwir yn draddodiadol yn “gytiau’r Gwyddelod”, er nad oes tystiolaeth mai ymsefydlwyr Gwyddelig oedd yn byw yn y rhain mewn gwirionedd. Yn y diwedd dechreuodd y rhyfel tua 400 OC pan orchfygodd y Cymry, gyda chefnogaeth Celtiaid o ogledd Lloegr, y Gwyddelod o’r ynys.

Mae’r casgliad o chwedlau traddodiadol Cymreig, Y Mabinogion, yn adrodd hanes Branwen, merch Brenin Gogledd Cymru, a oedd yn byw yn y cyfnod hwn. Roedd un o’r prif seddau brenhinol yn Aberffraw ar Ynys Môn. Daeth Brenin Iwerddon, Matholwch, yno i briodi Branwen a mynd â hi yn ôl i Iwerddon. Fodd bynnag, nid oedd y briodas hon yn ddigon i dawelu’r tensiynau rhwng y ddwy deyrnas. Cafodd Branwen ei thrin yn wael yn Iwerddon ac anfonodd air am ei gwae yn ôl i Ynys Môn. Yna torrodd rhyfel allan rhwng y ddwy deyrnas a dychwelwyd Branwen adref, ond dim ond ar ôl colli bywyd mawr ar y ddwy ochr. Wedi iddi gyrraedd yn ôl i Fôn, bu farw Branwen o dorcalon am ei bod yn credu mai hi oedd achos y fath ddinistr.

Yn y cyfnod canoloesol cynnar gwelwyd twf yr eglwys Gristnogol Geltaidd ledled Prydain ac Iwerddon. Nid oedd Môn yn eithriad a sefydlwyd dwy brif fynachlog; Cybi Sant yn yr hyn sydd yn awr yn Gaergybi, a Seiriol Sant ym Mhenmon, yng nghornel ogledd-ddwyreiniol yr ynys. Achosodd cyrchoedd y Llychlynwyr yn ystod y cyfnod hwn lawer o ddinistr yn yr aneddiadau hyn, yn ogystal ag yn y llys brenhinol yn Aberffraw. Fodd bynnag, ar ôl i weithgarwch y Llychlynwyr ddod i ben yn y 12fed ganrif, ffynnodd Ynys Môn. Yr oedd dechreuad llawer o eglwysi yr ynys y pryd hwn. Mae nifer o’r eglwysi canoloesol hyn mewn cyflwr da ac yn dal i gael eu defnyddio heddiw.

Un arall o’r prif lysoedd brenhinol y pryd hwn oedd yn Llys Rhosyr, gerllaw Niwbwrch heddiw. Darganfuwyd safle’r llys hwn yn y 1990au a chafodd ei gloddio, gyda’r sylfeini wedi’u cadw ac yn dal i’w gweld. Mae’r palas wedi’i ail-greu yn Sain Ffagan fel Llys Llywelyn.

Gwelodd y 13eg ganrif wrthdaro rhwng Cymru a’i chymydog Lloegr, a oedd bellach yn cael ei rheoli gan ddisgynyddion y goresgynwyr Normanaidd. Lansiodd Edward I o Loegr ymgyrchoedd yn erbyn Llywelyn ap Gruffydd, Tywysog olaf Cymru, ddwywaith. Yn y ddau achos trechwyd Llywelyn yn rhannol oherwydd i Edward dorri llwythi grawn o Ynys Môn oedd yn bwydo byddin Cymru. Ar ôl y golled derfynol adeiladodd Edward gyfres o gestyll o amgylch arfordir Cymru i ddarostwng y brodorion, gan gynnwys Castell Biwmares ar Ynys Môn a Chastell Caernarfon, ychydig ar draws y culfor ar y tir mawr.

Mae gan Ynys Môn gysylltiadau ag un o linachau brenhinol hanes Prydain. Sefydlwyd teulu canoloesol amlwg ar yr ynys gan Ednyfed Fychan, distain, sef prif weinyddwr Llywelyn Fawr, taid Llywelyn ap Gruffydd. Un o’i ddisgynyddion oedd Owain Tudur, a aned ar Ynys Môn ym Mhlas Penmynydd. Ymunodd Owain â llys Harri V ac, ar ôl marwolaeth y Brenin, priododd ei weddw yn ddirgel. Rhoddodd y weithred hon hawl i’r orsedd i’w ŵyr, Harri. Ym 1485 cyfarfu Harri a’i gefnogwyr â’r Brenin Rhisiart III mewn brwydr ar Faes Bosworth yn Swydd Gaerlŷr. Lladdwyd y Brenin a choronwyd Harri yn Harri VII. Dyma oedd cychwyn llinach y Tuduriaid, sy’n cynnwys Harri VIII ac Elisabeth I.

O’r 18fed ganrif ymlaen daeth Ynys Môn yn bwysig am ddau reswm: copr a theithio i Iwerddon. Roedd Mynydd Parys, yng ngogledd-orllewin yr ynys, wedi bod yn safle mwyngloddio copr yn ystod y cyfnod Rhufeinig ac o bosibl yn llawer cynharach. Yn y 1760au dechreuwyd cloddio ar raddfa lawn yno i fodloni’r galw am y metel ar gyfer cynhyrchu gynnau, platio metel ar gyfer llongau, a darnau arian. Ar ei anterth Mynydd Parys oedd y mwynglawdd copr mwyaf yn y byd ac roedd yn cyflogi 1500 o bobl. Roedd diwedd rhyfeloedd Napoleon yn golygu gostyngiad yn y galw am gopr a dirywiad sydyn yn ffawd y pwll. Heddiw mae bron y cyfan o’r tu mewn i’r mynydd wedi’i dynnu ac mae’r ardal yn edrych fel tirwedd lleuad.

Roedd llawer o faeau arfordirol Ynys Môn wedi gwasanaethu fel porthladdoedd bychain ar hyd yr oesoedd, ond erbyn y 18fed ganrif roedd Caergybi wedi dod i’r amlwg fel y prif borthladd, yn bennaf oherwydd dyma’r pwynt agosaf at Iwerddon. Ar yr adeg hon roedd teithio i Iwerddon yn beryglus, nid yn unig wrth groesi Môr Iwerddon, ond hefyd ar fferïau yn mordwyo cerhyntau peryglus y Fenai i gyrraedd Ynys Môn o’r tir mawr. Bu’n rhaid i deithwyr o Loegr hefyd deithio ar y ffyrdd cul drwy fynyddoedd Eryri ac o amgylch y pentiroedd ar hyd arfordir Gogledd Cymru. Cynyddodd undeb Prydain Fawr ac Iwerddon yn 1800 yr angen i wneud y llwybr hwn yn haws i’w deithio. Ym 1810 comisiynwyd Thomas Telford i adeiladu ffordd newydd drwy Ogledd Cymru ac ar draws Ynys Môn. Roedd hyn yn cynnwys y bont grog fawr gyntaf yn y byd, Pont Menai, ar draws y Fenai.

Arweiniodd dyfodiad y rheilffyrdd sawl degawd yn ddiweddarach at gystadleuaeth rhwng Caergybi a thref Porthdinllaen, ar dir mawr Cymru, am y prif reilffordd sy’n arwain o Lundain i borthladd sy’n gwasanaethu Dulyn. Enillodd Caergybi yr anrhydedd (trwy bleidlais sengl yn Nhŷ’r Cyffredin, yn ôl y chwedl). Yn dilyn hynny, adeiladwyd pont reilffordd, Pont Britannia, gan Robert Stephenson ym 1850.

Gweler hefyd:
Pontydd y Fenai